Der Museumsgarten wurde Anfang der 1970er Jahre vom ersten Hauswart des Museumshofes, Wilhelm Hachmeister, als Bauerngarten in strenger Kreuzform angelegt. Später pflegte Jutta Kleemann an die zwanzig Jahre lang den Museumsgarten ehrenamtlich, die dafür mit dem Ehrenamtspreis der Stadt Bad Oeynhausen ausgezeichnet wurde. Seit 2015 wird der Museumsgarten von einem Team ehrenamtlich tätiger Mitglieder des Vereins „Freundkreis Museumshof e.V.“ betreut und gepflegt. 2025 wurde der Garten durch die Gärtner der Stadt Bad Oeynhausen umfassend instandgesetzt. Finanziert wurde diese Maßnahme durch die NRW-Stiftung und den Freundeskreis Museumshof. Die durch den Buchsbaumzünsler zerstörte Hecke, die alle inneren Beete umrandete, wurde durch Lavendel ausgetauscht und die umlaufenden Kantsteine neu eingesetzt. Der lehmhaltige Boden wurde auf der gesamten Fläche mit Sand aufgelockert, Beete mit alten und neuen Pflanzen bestückt. Ein großes Beet ist als Totholzbereich angelegt, auf einem anderen finden sich drei aus Obernkrichener Sandstein aufgebaute Hochbeete, die mit Heil- und Gewürzkräutern bepflanzt sind. In einem Randbeet stehen Beerensträucher und neu gesetzte Obstbäume. Die beiden Gemüsebeete werden nach ökologischen Gesichtspunkten bearbeitet. Eine Besonderheit ist hier die Lippische Palme, eine alte hochstämmige Kohlsorte. Zu den Öffnungszeiten des Museumshofes ist der Garten zugänglich. Seit 2017 findet immer am ersten Sonntag im Juli ein Gartenfest statt mit Speisen, Getränken und einer Vielzahl von Verkaufsständen. Sämereien aus dem Museumgarten werden an der Museumkasse zum Verkauf angeboten, eine neu erstellte Gartenbroschüre ist zur Mitnahme ausgelegt.