Der Museumsgarten wurde Anfang der 1970er Jahre vom ersten Hauswart des
Museumshofes, Wilhelm Hachmeister, als Bauerngarten in strenger Kreuzform angelegt. Später pflegte Jutta Kleemann an die zwanzig Jahre lang den
Museumsgarten ehrenamtlich, die dafür mit dem Ehrenamtspreis der Stadt Bad Oeynhausen ausgezeichnet wurde. Seit 2015 wird der Museumsgarten von einem Team ehrenamtlich tätiger Mitglieder des Vereins „Freundkreis Museumshof e.V.“ betreut und zum Blühen gebracht. Die Beete sind mit Buchsbaumhecken umfriedet. Neben einem großen Kräuterbeet finden sich Gemüsebeete mit Nutzpflanzen und Beete mit Zierpflanzen und Sträuchern.
Den Reiz des Gartens machen besonders die alten Pflanzensorten aus, wie z.B. gelbe Himbeeren oder auch die Historische Rose „Orpheline de Julliett“, an Gemüsesorten die Lippische Palme (Grünkohlsorte), Stielmangold, Zuckererbse und Edelschalotte.Das Gartenteam unterstützt ProSpecieRara zur Erhaltung
alter Samensorten.

Im Rahmen von Führungen sowie bei größeren Museumsveranstaltungen ist der Garten zugänglich. Seit 2017 findet immer am ersten Sonntag im Juli ein Gartenfest mit angeschlossenem Pflanzenmarkt statt. Sämereien aus dem Museumsgarten werden an der Museumskasse zum Verkauf angeboten, ebenso ein Heftchen mit der Beschreibung der Kräuter im Garten.